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Spectrométrie de masse (protéomique) : Comment les isotopes peuvent-ils être utilisés pour déterminer la charge des pics ?

Spectrométrie de masse (protéomique) : Comment les isotopes peuvent-ils être utilisés pour déterminer la charge des pics ?


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J'essaie de comprendre comment les isotopes peuvent me renseigner sur la charge des différents pics. Ce fichier pdf mentionnait les éléments suivants sur les isotopes en corrélation avec la charge des pics :

Isotopes
Si le spectromètre de masse avec lequel vous travaillez a une résolution suffisante pour regarder les isotopes, un ion à charge unique affichera des pics isotopiques qui diffèrent d'une unité de masse, un ion doublement chargé affichera des pics qui diffèrent de 0,5 unité de masse et ainsi de suite. C'est une autre façon de déduire l'état de charge d'un pic et donc la masse.

Supposons donc que le spectromètre ait une résolution suffisante pour observer les différents isotopes. Ce n'est pas vraiment clair pour moi à quel sommet je dois commencer. Donc pour résumer mes questions liées à ce sujet :

  • Quel pic dois-je regarder lors de la détermination de la charge en fonction de la distribution des isotopes ?
  • Pourquoi les pics différeraient-ils de 0,5 unité de masse (voir ci-dessus) ?


mettre à jour

source : http://mascot.proteomix.org/help/mass_accuracy_help.html
En regardant le graphique ci-dessus, il y a une différence de 1 amu entre les différents pics.

  • Qu'est-ce que les isotopes ont à voir avec la charge?
  • Que nous dit cette charge (et la distribution isotopique) du pic sur lequel nous avons zoomé pour créer le graphique ci-dessus ?

Si vous avez un ion de masse 100 et de charge 2, le rapport m/z (excluons la racine) sera 100/2=50. Si vous avez des isotopes, vous vous attendez à trouver plusieurs pics pour un fragment donné. Par exemple, les masses des différents isotopes d'une même molécule pourraient ressembler à : 100, 102, 105 et 107. Dans ce cas, le spectromètre détectera quatre pics, au lieu d'un, pour la même molécule (il ressemblera à ceci) : 100/2, 102/2, 105/2 et 107/2. La charge de tout ce qui culmine est la même… c'est seulement la masse qui diffère.

La page que vous avez liée fait simplement un exemple, "ion à charge unique affichera des pics isotopiques qui diffèrent de 1" exemple m=10 z=1 m/z =10, pour l'isotope m=11 z=1 m/z=11 (différence de 1). Si tu as un ion doublement chargé m=10 z=2 m/z=5 et pour l'isotope sera 11/2=5,5 (différence de 0,5).

Donc, si vous prenez les spectres d'un composé et que vous voyez les pics isotopiques ayant une distance de 0,5 entre eux, vous regardez un ion doublement chargé, si la distance est de 1, c'est un ion simplement chargé.

Qu'est-ce que les isotopes ont à voir avec la charge? Étant donné que les pics d'isotopes sont à environ 1 unité les uns des autres, vous pouvez en conclure que l'ion que vous regardez a 1 charge.

La dernière question n'est pas claire pour moi.


J'ai modifié l'ordre de vos questions pour que les réponses se succèdent.

Qu'est-ce que les isotopes ont à voir avec la charge?

La présence d'isotopes n'a aucun effet sur la charge de la molécule. Les propriétés physicochimiques de la molécule et la façon dont le MS a été configuré dictent la façon dont les molécules acquièrent des charges.

Ceci est important car les méthodes qui utilisent le marquage isotopique reposent sur la présence d'isotopes dans des molécules n'ayant aucun effet sur leurs propriétés physicochimiques. Secondairement, la vie deviendrait intenable si l'incorporation d'isotopes modifiait les propriétés des protéines (voir ci-dessous).

Quel pic dois-je regarder lors de la détermination de la charge en fonction de la distribution des isotopes ?

Le m/z des pics isotopiques fournit des informations sur la charge afin que vous utiliser l'espacement entre les pics isotopiques. Il est important d'utiliser les mesures les plus précises, qui seront les pics les plus forts, pour calculer la différence de masse. Il n'est pas nécessaire d'utiliser le pic monoisotopique (M) qui dans certains cas ne sera pas présent.

~ 1,1% du carbone sur la planète est C13, donc en moyenne dans les molécules biologiques, 1,1 carbone sur 100 sera l'isotope C13. Par conséquent, à mesure que les molécules biologiques grossissent, le C13 sera incorporé plus fréquemment et les chances de mesurer le pic monoisotopique diminuent.

Que nous dit cette charge (et la distribution isotopique) du pic sur lequel nous avons zoomé pour créer le graphique ci-dessus ?

Supposons que la différence m/z entre le pic monoisotopique (M) et le pic isotopique avec 1 isotope par molécule (M+1) est ; 1086,55 - 1085,55 = 1

Nous savons que la masse de l'isotope est ~1 donc z doit être égal à 1 lorsque les pics isotopiques ont une différence de 1 m/z.

Pourquoi les pics différeraient-ils de 0,5 unité de masse (voir ci-dessus) ?

Supposons que nous travaillons avec la même molécule que ci-dessus (M = 1084,543) mais elle est doublement chargée. Dans ce cas, il aura un m/z = 543,778 et le premier pic isotopique (M+1) sera mesuré à 544,278 m/z.

On sait que m = 1 lorsqu'un seul isotope est présent donc la différence de 0,5 m/z => 1/0,5 = 2. La charge (z) est de 2.

Notez que chaque charge ajoute un proton à 1,007276 unités de masse à la masse monoisotopique de la molécule chargée. Cependant, lorsque nous parlons de la masse monoisotopique de la molécule, nous ne voulons pas inclure de protons. C'est pourquoi M = 1084,543 plutôt que les 1085,55 m/z (et la masse) de la molécule à charge unique qui a été montrée dans l'image ci-dessus.



Commentaires:

  1. Ovadya

    Soyez juste ça))

  2. Devoss

    À mon avis, il a déjà été discuté, utilisez la recherche.

  3. Lynne

    Je peux recommander d'aller sur le site, où il existe de nombreux articles sur le sujet qui vous intéressent.

  4. Craig

    Je pense que des erreurs sont commises. Je propose d'en discuter. Écrivez-moi dans PM, cela vous parle.



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