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Dans l'arbre taxonomique du NCBI, que signifie « pas de classement » ?

Dans l'arbre taxonomique du NCBI, que signifie « pas de classement » ?


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NCBI publie son navigateur de taxonomie sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi

Alors que de nombreux taxons ont un rang bien défini (Ordre, Famille, Genre etc…), certains d'entre eux n'ont "pas de rang".

Par exemple, Amniota :

  • Identifiant de taxonomie : 32524
  • Nom commun de Genbank : amniotes
  • Nom héréditaire de l'explosion : vertébrés
  • Rang: pas de rang
  • Code génétique : Table de traduction 1 (Standard)
  • Code génétique mitochondrial : Table de traduction 2 (Vertébré Mitochondrial)

Que signifie "pas de rang" ?


Eh bien, bienvenue dans la Systématique Phylogénétique.

La taxonomie linnéenne est un système de classification basé sur les rangs. Lorsque Linnaeus l'a proposé pour la première fois en 1735, dans son célèbre Systema Naturae, il a créé 5 rangs : Regnum, Classis, Ordo, Genre et Espèce (en latin).

Aujourd'hui (plus de détails ci-dessous), la taxonomie linnéenne utilise 8 rangs principaux :

  • Domaine
  • Royaume
  • Phylum
  • Classer
  • Commander
  • Famille
  • Genre
  • Espèce

Si vous ajoutez les préfixes super-, sous- et infra- à cela, vous obtenez plus de rangs.

Cependant, dans les années 60, une nouvelle systématique a été proposée par Hennig, appelée Systématique phylogénétique. Je n'expliquerai pas en détail ce qu'est la systématique phylogénétique dans cette réponse, il existe de nombreuses bonnes sources à lire. Mon propos ici n'est qu'un : vous montrer qu'il n'y a pas rang en Systématique phylogénétique.

Regardez ce cladogramme :

Le groupe formé par A + B est un monophylétique grouper. Le groupe formé par A + B + C + D est également un groupe monophylétique. De la même manière, le groupe formé par A + B + C + D + E + F + G + H est un groupe monophylétique (d'ailleurs, il y a 7 groupes monophylétiques dans ce cladogramme). Et tous ces groupes ont des noms.

Maintenant vient la partie importante : en Systématique Phylogénétique, le nombre de groupes monophylétiques entre l'ensemble le plus exclusif (vous) et l'ensemble plus inclusif (votre tout premier ancêtre, il y a plus de 3 milliards d'années) est énorme ! Il est, bien sûr, bien plus grand que 8 (ou que 32, si vous ajoutez tous ces préfixes). Même si vous ajoutez des rangs inhabituels, comme Tribu ou Section, vous ne vous approchez même pas du nombre de groupes monophylétiques entre vous et votre ancêtre le plus âgé.

Comme je l'ai lu il y a quelque temps dans un article de systématique phylogénétique : « Nous avons besoin de noms. Beaucoup de noms !.

C'est pourquoi la taxonomie moderne a un problème avec la notion traditionnelle de rangs, certains biologistes défendant que nous devrions complètement abandonner les rangs (sauf, bien sûr, les Espèces). Et c'est pourquoi j'étais mal à l'aise en écrivant aujourd'hui quelques paragraphes ci-dessus : il y a de plus en plus de biologistes qui utilisent la nomenclature phylogénétique, ce qui est incompatible avec la taxonomie linnéenne.

Donc, pour vous donner un exemple : Mammalia est une classe. Cependant, Mammalia se trouve à l'intérieur d'un groupe supérieur, que nous appelons Synapsida. Synapsida n'est ni une Classe, ni un Ordre, ni un Phylum… il ne fait pas avoir un rang. Synapsida, à son tour, se trouve à l'intérieur d'Amniota (animaux avec amnios), qui n'a pas non plus de rang…

Les exemples abondent : Sauropsida, Eudycots, Opisthokonta, Reptiliomorpha, Viridiplantae etc sont tous des groupes sans rang.

Ainsi, lorsqu'un biologiste dit "cet organisme est un Amniota", elle/il dit simplement que l'organisme donné appartient au groupe monophylétique appelé Amniota. Si vous lui demandez « Qu'est-ce qu'Amniota ? Une Classe, un Ordre, une Superfamille, un Subphylum ?, la réponse sera : "aucun d'entre eux". Les groupes monophylétiques n'ont pas besoin d'avoir un rang dans la systématique phylogénétique.

Enfin, citant l'aide taxonomique de NCBI :

Le «nom scientifique préféré» d'un taxon peut être formel (par exemple Homo sapiens) ou informel (par exemple Homo sp. Altai, ou champignon non cultivé). Les taxons au-dessus du niveau de l'espèce peuvent aussi être formels (par exemple l'ordre des Mammalia) ou informels (par exemple le non classé nœud eudicotylédone). (c'est moi qui souligne)

Source : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53758/#taxonomyqs.Overview



Commentaires:

  1. Kiefer

    Pensée merveilleuse, très drôle

  2. Sofian

    Sounds it is tempting



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