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Télécharger un génome de référence pour l'alignement

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Je travaille actuellement sur l'exemple de code sur le site Web de MATLAB. Cela m'oblige à télécharger le génome de référence d'Arabidopsis thaliana (thale cress) afin que je puisse utiliser BowTie2 pour aligner les données de l'expérience Chip-Seq. J'en ai besoin dans un fichier .fa.

Étant donné que je suis très novice dans ce domaine, quelle est la base de données où je peux utiliser pour télécharger ce génome de référence ? Comment rechercher quelque chose comme ça ? Merci

EDIT : parlé trop tôt. Je pense que le site NCBI l'a fait pour moi. Sous leReprésentatif -> Génome de référencesection. Est-ce correct?

EDIT2: La réponse était également dans la page MATLAB. La boîte à outils bioinformatique offre une fonction :

% getgenbank('NC_003070','FileFormat','fasta','tofile','ach1.fasta'); % getgenbank('NC_003071','FileFormat','fasta','tofile','ach2.fasta'); % getgenbank('NC_003074','FileFormat','fasta','tofile','ach3.fasta'); % getgenbank('NC_003075','FileFormat','fasta','tofile','ach4.fasta'); % getgenbank('NC_003076','FileFormat','fasta','tofile','ach5.fasta');

Puisque vous utilisez Bowtie, vous voulez le génome indexé, voyez s'il n'est pas disponible ici, au lieu de télécharger le fasta et de l'indexer vous-même.

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.ilmn



Commentaires:

  1. Lorant

    Vraiment vraiment! Nous attendons avec impatience la sortie et nous ferons le bercer !!!!!!

  2. Esmund

    J'ai déjà, et ont déjà vu attendre longtemps

  3. Innes

    Je joins. Ainsi arrive. Nous pouvons communiquer sur ce thème. Ici ou en MP.

  4. Khons

    Alors ça arrive.

  5. Elrick

    Je félicite, quels mots ..., pensée remarquable



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