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Outils que je peux utiliser pour trouver des gènes similaires

Outils que je peux utiliser pour trouver des gènes similaires



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Quels sont les outils disponibles pour estimer la fonction et le but d'un gène ? Je pense que la bonne approche est de trouver des séquences de gènes similaires dont nous connaissons la fonction.

Toutes les informations que j'ai sur un gène sont (par exemple) :

KXN84633.1

et

> Lcl | Query_208731: 23119-24312 CTACAGACATATCCCATCCAGAAGAAATCTTTATCTATCGAATACCTTCGCGATAACGCGTATCTACGCG CTCGAACAGGCCAAATAGCTGCAATGTTAAGGCTGAGGGATAGTATTTCCAAAAACCTATCCCGGCATTT TGAGGTACATTTACTTTCTTCCGTATCTGGCCTGACTAAAAATCCTGCGTAGTCTCAAGGGTTTACATAT ACTCATACGCCTATAATAACAGCTAGCGATTGCGAAGGCGCAGGCGAAGCATTTCGCATATCACCTATCC AACCTACCACCCCCTCTCTCTCAAAAACTGACGCAAGTTCAGACGCAAATACCCCTATAGAGTTCTTTTC ACGTCCTGCATATCTCACAGTCTCGCATCAACTTCATCTAGAATCCTTCACCACGGCTCTCTCTCGCGTG TATACCCTTTCACCATGTTTTCGTGCGGAACGATCTATGACTGGACGACATCTGGCCGAGTTCTGGATGC TTGAGGCCGAGTGGAACCTTGCAACGCGTTGCGATAGCTTAGAAGAAATTTGTGCCTTTGTGGAAGGCTT AATTCGGACGTCGGTAGATCATGAGTCGCAGGATGTCAAGGCTCTGTGGGCGGAGAAAGGAGCGGAAGTA GAGGAATTCAAGATGTTTCGTGCCGCATTTGACAACGCTCAGCCTTGGAGGCGATTAACATACTCGGATG CAGTCGAGGCGTTGAGCACGGCTTATGTCAACGGACATCCTTTCGAATTCAAACCTGTCTGGGGCGAATC ACTCTCGAGCGAACATGAACGTTGGCTGGCAGAGGTGTACGTTGGTGGACCAGTGTTCGTGACAGACTAC CCTATCAAACTTAAACCGTTTTATATGCGGGTCAACGAAGATGGGAAAACCGTTGCGTGTTTCGATTTGA TTGTACCTCATGCTGGTGAACTTGTGGGTGGAAGTGTGAGGGAGGAG AGATGGGATGTCCTCTCAAAACG GATGGCAGAGCATGGATTGTTGCCTCACCCTGACCAGAATGAGGGTGCCCCAACTGATTCGACATATGAA TGGTATCTGGATTTACGCAAGTATGGTGGAGCGCCGCATGCAGGGTTTGGTCTTGGGTTTGAAAGGCTGG TGAGCTGGGTTGGAGGGATTGACAATGTGCGAGAATGCATCGGCATGCCTCGGTGGACTGGGAGAATGAT TATG> lcl | Query_208731: 22646-23071 ATGCTCCTTCGCAGGTTATACTCGACTGCTGCACATCCTGCCAGGTTCAAACTACCGCCGACAATCAAAC AGGTGCTTTCAGCTAATGGCAGCGAAAGTTCAGCGACATCAGTGACTGGCTGGATTAAATCTATCCGTAA ACAGAAAAACATAACCTTCGCTGTAGTCAGTGATGGTACAACACCAGAGGGCCTGCAAGCAGTTGTGTCA AAAGAACAGGGTACTTCCCCAGAAATGTTGAAAAGGTCAGTTCATCTCTCACAGCTCGAAACCGGAACAC TCACCAATTGAAGACTTACGAACGGTACAGCAGTGCGGCTCACAGGAAATCTAATTCAGTCTCCTGGCCG AGGTCAAGAATGGGAGCTTGTCATTCAAGAAGGTGACAAGAACGCTATCGAAATCCTCGGCGACTGTGAT ATTGAC> lcl | Query_208731: c22559-22323 ATATCACATTCAACATCCAGGGTAATGACATCGCCATGTCGCTAGACAGCGTCGACAATGACTTCCAAGA AACACTCGTTCCCATCTCCACTGGAATCTCTCTGGAACTCGATCTTATCAAACCCCGTCAACCGCAAGAG CAAGAGTCCAAACTAGCAATCTGTCTTCACCCCTGGTCTCGACTCGGAGGACGCAAAAGCGACCCGTGCG GTGTCTTATTCCACGAGCTCAGGTCGA> lcl | Query_208731: c2394 9-23902 CACGAACACTGGTCCACCAACGTACACCTCTGCCAGCCAACGTTCATG
évidemment je suis nouveau dans ce domaine :)

Personnellement, je ne trouve pas la deuxième partie avec les requêtes utile sans un plus grand contexte.

La première partie semble être un numéro d'accession (plus d'informations sur ceux-ci peuvent être trouvées ici : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html). En allant sur NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) et en recherchant ce numéro d'accession, vous pouvez obtenir de nombreuses informations rapidement et facilement. La recherche de ce numéro particulier montre qu'il s'agit d'une Asparagine-ARNt ligase du genre fongique Leucoagaricus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/KXN84633.1/).

Si vous avez simplement une séquence d'ADN ou de protéine et aucun numéro d'accession, vous pouvez effectuer un BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Cela recherchera votre séquence dans une base de données massive de séquences d'ADN ou de protéines annotées. Le type spécifique de BLAST à exécuter et les paramètres idéaux nécessiteront quelques lectures de votre part pour déterminer. Cependant, si vous débutez, le nucléotide BLAST pour les séquences d'ADN, la protéine BLAST pour les séquences de protéines et les paramètres par défaut suffiront souvent. Cette recherche vous fournira les meilleurs "hits" à la base de données que vous pourrez ensuite suivre pour avoir une idée de la fonction de votre séquence d'origine.