Informations

Base de données anticorps-antigène

Base de données anticorps-antigène


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Existe-t-il une base de données où je peux trouver une estimation d'affinité si je fournis un anticorps donné et une séquence d'antigène donnée ?

Entrée : séquence anticorps + antigène Sortie : estimation quantitative de liaison/affinité

Merci beaucoup.


La constante de liaison d'un complexe anticorps-antigène reste une mesure empirique.

De nombreux efforts ont été déployés pour résoudre ce problème quantitativement et qualitativement au fil des ans depuis les structures cristallines originales d'un complexe lysozyme-Fab, il existe plus de 400 structures sur le site www.rcsb.org dans une recherche de complexes anticorps-antigènes.

À ce stade, la méthodologie générale consiste à modéliser la structure du complexe anticorps-antigène. Ensuite, à partir du complexe, une énergie libre de liaison est estimée, ou de manière plus fiable, des variantes qui pourraient se lier plus étroitement peuvent être modélisées.

Il existe des outils pour faire ce travail, mais ils sont encore loin d'être parfaits. Cet article de 2012 compare une nouvelle structure cristalline anticorps-antigène aux résultats de plusieurs suites de modélisation. Dans le tableau 4, les auteurs montrent que les parties invariantes de la structure ainsi que certaines des boucles hypervariables sont vraiment modélisées avec précision, mais la région hypervariable 3 était loin dans ce cas (erreur efficace d'environ 2 Angströms). Ce qui n'est pas assez précis pour calculer l'énergie libre réelle de liaison.

Actuellement, les énergies libres de liaison et donc les estimations des constantes de liaison ne sont pas calculées de manière fiable à partir des structures complexes de protéines. Un tel logiciel est en pratique plutôt utilisé pour calculer la force de liaison relative de deux modèles (voir cet exemple de 2012).

Cet article de 2010 qui décrit SnugDock, une suite logicielle plus récente, décrit un processus de conception anticorps-antigène de pointe (c'est nous qui soulignons).

On pourrait envisager un pipeline complet d'ingénierie informatique des anticorps commençant par la séquence d'anticorps et se terminant par des prédictions précises pour des interactions anticorps-antigène optimisées. Dans cet article, nous avons réussi à atteindre la deuxième étape par l'amarrage informatique en utilisant des modèles informatiques de l'anticorps monomère. Les prochaines étapes peuvent être encore plus difficiles. Des structures complexes à haute résolution pourraient ensuite être utilisées pour le balayage informatique de l'alanine, maturation de l'affinité computationnelle ou altération de la spécificité de liaison. Pour les thérapies par anticorps, les structures aideront à définir les mécanismes médicamenteux pour l'approbation réglementaire, permettront la cartographie des épitopes et humaniseront les constructions. Ces applications nécessitent des niveaux de résolution variables et des tests supplémentaires révéleront toute l'utilité des prédictions SnugDock.

Comme vous pouvez le voir, la méthode recommandée consiste à créer une série de modèles pour essayer de créer une liaison relative plus étroite.


Une référence élargie pour l'amarrage anticorps-antigène et la prédiction d'affinité révèle des informations sur les déterminants de la reconnaissance des anticorps

La modélisation prédictive précise des structures complexes anticorps-antigène et la conception d'anticorps basés sur la structure restent des défis majeurs en biologie computationnelle, avec des implications pour la biothérapie, l'immunité et les vaccins. Grâce à une recherche systématique de structures à haute résolution de complexes anticorps-antigènes et de structures d'anticorps et d'antigènes non liés, en conjonction avec l'identification d'affinités de liaison déterminées expérimentalement, nous avons rassemblé un ensemble non redondant de cas de test pour l'amarrage anticorps-antigène et la prédiction d'affinité. . Cette référence fait plus que doubler le nombre de complexes anticorps-antigène et les affinités correspondantes disponibles dans nos références précédentes, offrant une vue sans précédent des déterminants de la reconnaissance des anticorps et des informations sur la flexibilité moléculaire. Les premières évaluations des outils d'amarrage et de prédiction d'affinité mettent en évidence les défis posés par cet ensemble diversifié de cas, qui comprend des nanocorps de camélidés, des anticorps monoclonaux thérapeutiques et des anticorps neutralisants ciblant les glycoprotéines virales. Cet ensemble de données permettra le développement de méthodes avancées de modélisation et de conception prédictives pour cette classe thérapeutiquement pertinente d'interactions protéine-protéine.

Mots clés: affinité prédiction conception d'anticorps biothérapeutique anticorps monoclonaux nanocorps protéine-protéine amarrage virus.


Structure d'anticorps

Une molécule d'anticorps est composée de quatre polypeptides : deux chaînes lourdes identiques (grandes unités peptidiques) qui sont partiellement liées les unes aux autres dans une formation en « Y », qui sont flanquées de deux chaînes légères identiques (petites unités peptidiques), comme illustré sur la figure 1. Les liaisons entre les acides aminés de la cystéine dans la molécule d'anticorps attachent les polypeptides les uns aux autres. Les zones où l'antigène est reconnu sur l'anticorps sont des domaines variables et la base de l'anticorps est composée de domaines constants.

Figure 1. (a) Lorsqu'une cellule B de la lignée germinale mûrit, une enzyme appelée ADN recombinase excise au hasard les segments V et J du gène de la chaîne légère. L'épissage au niveau de l'ARNm entraîne un réarrangement supplémentaire des gènes. En conséquence, (b) chaque anticorps a une région variable unique capable de se lier à un antigène différent.

Dans les cellules B de la lignée germinale, la région variable du gène de la chaîne légère a 40 segments variables (V) et cinq segments de jonction (J). Une enzyme appelée ADN recombinase excise au hasard la plupart de ces segments du gène et épisse un segment V à un segment J. Pendant le traitement de l'ARN, tous les segments V et J sauf un sont épissés. La recombinaison et l'épissage peuvent donner lieu à plus de 10 6 combinaisons VJ possibles. En conséquence, chaque cellule B différenciée dans le corps humain a généralement une chaîne variable unique. Le domaine constant, qui ne lie pas les anticorps, est le même pour tous les anticorps.

Semblable aux TCR et aux BCR, la diversité des anticorps est produite par la mutation et la recombinaison d'environ 300 segments de gènes différents codant pour les domaines variables des chaînes légères et lourdes dans les cellules précurseurs qui sont destinées à devenir des cellules B. Les domaines variables des chaînes lourdes et légères interagissent pour former le site de liaison à travers lequel un anticorps peut se lier à un épitope spécifique sur un antigène. Les nombres de domaines constants répétés dans les classes d'Ig sont les mêmes pour tous les anticorps correspondant à une classe spécifique. Les anticorps sont structurellement similaires au composant extracellulaire des BCR, et la maturation des lymphocytes B en plasmocytes peut être visualisée en termes simples lorsque la cellule acquiert la capacité de sécréter la partie extracellulaire de son BCR en grande quantité.


Interactions anticorps-antigène : analyse de contact et topographie des sites de liaison

Nous avons analysé les résidus en contact avec l'antigène et la forme des sites de combinaison dans les structures cristallines Fv et Fab des anticorps maintenant disponibles auprès de la Protein Data Bank. Les propensions à entrer en contact avec l'antigène sont présentées pour chaque résidu d'anticorps, permettant de proposer une nouvelle définition des régions déterminant la complémentarité (CDR) sur la base des contacts d'antigène observés. Les contacts sont plus fréquents au niveau des résidus CDR qui sont situés au centre du site de combinaison, certains résidus CDR moins centraux ne sont en contact que par de grands antigènes. Les résidus sans contact dans les CDR coïncident avec les résidus identifiés par Chothia et ses collègues comme importants dans la définition des conformations « canoniques ». Un moyen objectif de classer les surfaces des protéines par topographie brute a été développé et appliqué aux surfaces des sites de combinaison d'anticorps. Les surfaces ont été regroupées en quatre classes topographiques : concave et modérément concave (principalement des liants haptènes), striées (principalement des liants peptidiques) et planes (principalement des liants protéiques). Nous avons déterminé les classes topographiques pour dix paires de structures cristallines anticorps-antigène complexées et non complexées, quatre changent de classe topographique lors de la complexation. Les résultats seront utiles à l'ingénierie des anticorps, à l'amarrage des antigènes et à l'immunologie clinique. Pour démontrer une application, nous montrons comment les données peuvent être utilisées pour localiser la poche de liaison à l'antigène sur les structures d'anticorps.


Typage sérologique de Staphylococcus aureus

  1. Mélanger le réactif au latex en secouant, expulser tout latex du compte-gouttes pour un mélange complet.
  2. Déposez 1 goutte de latex test (contient un anticorps Staph) sur l'un des cercles de la carte de réaction et ajoutez 1 goutte de latex de contrôle sur un autre cercle.
  3. À l'aide d'une boucle, ramassez et étalez 5 colonies suspectes (soit une colonie suspecte Staphylocoquede votre corps OU d'un Staphylocoque doréfourni par le laboratoire) sur le cercle contenant le latex de test et mélangez-le au réactif de latex de test. Étendre pour couvrir le cercle. Assurez-vous d'avoir une suspension bactérienne homogène. Les amas rendront la réaction difficile à identifier et donneront peut-être une fausse réaction +.
  4. Répétez l'étape 3 pour le latex de contrôle, en utilisant la même culture bactérienne.
  5. Ramassez et balancez la carte jusqu'à 20 secondes et observez l'agglutination dans des conditions d'éclairage normales.
  6. Faites basculer la lame d'avant en arrière pendant une minute maximum et recherchez l'agglutination bleue. L'agglutination est une réaction positive pour l'identification de S. aureus.

Test Clearview pour l'antigène streptococcique

  1. Placer le tube d'extraction dans le porte-tube. Ajouter 3 gouttes de réactif d'extraction 1 dans le tube d'extraction. Ajouter 3 gouttes de réactif d'extraction 2 dans le tube d'extraction.
  2. Placer l'échantillon d'écouvillonnage de gorge dans le tube d'extraction. Faites tourner l'écouvillon à l'intérieur du tube en utilisant un mouvement circulaire (vous pouvez utiliser la culture pure de streptocoque fournie) pour rouler contre le côté du tube d'extraction afin que le liquide soit exprimé et réabsorbé de l'écouvillon. Laissez reposer au moins 1 minute.
  3. Pressez doucement l'écouvillon fermement contre le tube pour expulser autant de liquide que possible de l'écouvillon. Jeter l'écouvillon.
  4. Immerger la bandelette réactive dans le tube d'extraction avec les flèches pointant vers l'extrait d'échantillon. Laissez la bandelette réactive dans le tube d'extraction. Démarrez la minuterie.
  5. Lire les résultats en 5 minutes. Selon le nombre d'organismes sur l'écouvillon, un résultat positif peut être visible dès 1 minute. Cependant, pour confirmer un résultat négatif, un temps de réaction complet de 5 minutes est requis. Ne pas lire les résultats après 10 minutes.

Test monospot

  1. Placer une goutte de sérum de contrôle NÉGATIF ​​en chute libre sur la lame de verre.
  2. Placer une goutte de sérum de contrôle POSITIF en chute libre sur la lame de verre dans un autre puits. Comme nous n'avons pas de sérum de patient, vous utiliserez le sérum de contrôle positif comme sérum du patient.
  3. Ajouter 1 goutte de réactif LATEX en chute libre dans chaque puits.
  4. Mélanger le contenu de chaque cercle avec un agitateur (différents agitateurs pour chaque cercle), couvrant toute la surface du cercle.
  5. Faites basculer la lame dans un mouvement circulaire pendant 2 minutes.
  6. Observer l'agglutination. Une lumière tenue directement au-dessus de la lame améliorera la lisibilité du test.

Prédiction par apprentissage automatique de la liaison Anticorps-Antigène : ensemble de données, méthode et tests

Les technologies de séquençage de l'ADN fournissent de nouvelles informations sur la réponse immunitaire en permettant le séquençage à grande échelle du gène d'immunoglobuline réarrangé présent chez un individu, mais les applications de cette approche sont limitées par le manque de méthodes pour déterminer le ou les antigènes codés par une immunoglobuline. par une séquence donnée se lie à. Des méthodes de calcul pour prédire les interactions anticorps-antigène qui tirent parti de la prédiction de la structure et de l'amarrage ont été proposées, mais ces méthodes nécessitent une connaissance des structures 3D.

En tant qu'étape vers le développement d'une méthode d'apprentissage automatique adaptée à la prédiction des affinités de liaison anticorps-antigène à partir de données de séquence, une approche d'apprentissage automatique pondérée du voisin le plus proche a été appliquée au problème. Un programme de prédiction a été codé en Python et évalué à l'aide d'une validation croisée sur un ensemble de données de 600 anticorps interagissant avec 50 antigènes. La classification prédisant l'exactitude était d'environ 76% pour cet ensemble de données. Ces résultats fournissent un cadre de référence utile ainsi que des protocoles et des considérations pour l'apprentissage automatique et la création d'ensembles de données dans ce domaine.

L'ensemble de données (au format csv) et le programme d'apprentissage automatique (codé en python) sont disponibles gratuitement en téléchargement.


Une référence élargie pour l'amarrage anticorps-antigène et la prédiction d'affinité révèle des informations sur les déterminants de la reconnaissance des anticorps

La modélisation prédictive précise des structures complexes anticorps-antigène et la conception d'anticorps basés sur la structure restent des défis majeurs en biologie computationnelle, avec des implications en biothérapie, immunité et vaccins. Grâce à une recherche systématique de structures à haute résolution de complexes anticorps-antigènes et de structures d'anticorps et d'antigènes non liés, en conjonction avec l'identification d'affinités de liaison déterminées expérimentalement, nous avons rassemblé un ensemble non redondant de cas de test pour l'amarrage anticorps-antigène et la prédiction d'affinité. Cette référence fait plus que doubler le nombre de complexes anticorps-antigène et les affinités correspondantes disponibles dans nos références précédentes, offrant une vue sans précédent des déterminants de la reconnaissance des anticorps et des informations sur la flexibilité moléculaire. Les premières évaluations des outils d'amarrage et de prédiction d'affinité mettent en évidence les défis posés par cet ensemble diversifié de cas, qui comprend des nanocorps de camélidés, des anticorps monoclonaux thérapeutiques et des anticorps neutralisants ciblant les glycoprotéines virales. Cet ensemble de données permettra le développement de méthodes avancées de modélisation et de conception prédictives pour cette classe thérapeutiquement pertinente d'interactions protéine-protéine.

Mots clés: amarrage protéine-protéine, conception d'anticorps, camélidé, nanocorps, prédiction d'affinité


Base de données anticorps-antigènes - Biologie

Tous les articles publiés par MDPI sont rendus immédiatement disponibles dans le monde entier sous une licence en libre accès. Aucune autorisation particulière n'est requise pour réutiliser tout ou partie de l'article publié par MDPI, y compris les figures et les tableaux. Pour les articles publiés sous licence Creative Common CC BY en accès libre, toute partie de l'article peut être réutilisée sans autorisation à condition que l'article original soit clairement cité.

Les articles de fond représentent la recherche la plus avancée avec un potentiel important d'impact élevé dans le domaine. Les articles de fond sont soumis sur invitation individuelle ou sur recommandation des éditeurs scientifiques et font l'objet d'un examen par les pairs avant leur publication.

L'article de fond peut être soit un article de recherche original, soit une nouvelle étude de recherche substantielle qui implique souvent plusieurs techniques ou approches, ou un article de synthèse complet avec des mises à jour concises et précises sur les derniers progrès dans le domaine qui passe systématiquement en revue les avancées les plus passionnantes dans le domaine scientifique. Littérature. Ce type d'article donne un aperçu des orientations futures de la recherche ou des applications possibles.

Les articles du Choix de l'éditeur sont basés sur les recommandations des éditeurs scientifiques des revues MDPI du monde entier. Les rédacteurs en chef sélectionnent un petit nombre d'articles récemment publiés dans la revue qui, selon eux, seront particulièrement intéressants pour les auteurs ou importants dans ce domaine. L'objectif est de fournir un aperçu de certains des travaux les plus passionnants publiés dans les différents domaines de recherche de la revue.


Copiez et collez ce code d'intégration dans le code HTML de votre site Web

Dernière réponse de : Professeur Catherine Carpenter Carpenter
ven. 12 oct. 2018 17:43

Publié par Maryam Fayyazi le 12 octobre 2018

Salut,
Pouvez-vous s'il vous plaît expliquer la différence entre les phagocytes et les macrophages?

Posté par ido montia le 22 décembre 2014

Interactions Anticorps & Antigènes

  • Description de l'anticorps
    • Structure d'anticorps
    • Fonction anticorps
    • Quatre immunoglobines : IgM, IgG, IgD, IgA, IgE
    • Exogène
    • Endogène
    • Autogène
    • Types et déterminants de l'antigénicité

    Interactions Anticorps & Antigènes

    Les diapositives de la conférence sont des images capturées à l'écran des points importants de la conférence. Les étudiants peuvent télécharger et imprimer ces images de diapositives de cours pour s'entraîner à résoudre des problèmes et prendre des notes tout en regardant le cours.


    Résumé

    abYsis est un système de recherche sur les anticorps basé sur le Web qui comprend une base de données intégrée de données sur la séquence et la structure des anticorps. Le système peut être interrogé de nombreuses manières, des simples recherches de texte et de séquences aux requêtes sophistiquées qui appliquent des contraintes structurelles 3D. La version accessible au public comprend des données de séquences pré-analysées du Laboratoire européen de biologie moléculaire, Archives européennes des nucléotides (EMBL-ENA) et Kabat, ainsi que des données de structure de la banque de données sur les protéines. Les propres séquences d'un chercheur peuvent également être analysées via l'interface Web.

    Une caractéristique déterminante d'abYsis est que les séquences sont automatiquement numérotées avec une série de schémas populaires tels que Kabat et Chothia, puis annotées avec des informations clés telles que les régions déterminant la complémentarité et les modifications post-traductionnelles potentielles. Un aspect unique d'abYsis est un ensemble de tableaux de fréquences de résidus pour chaque position dans un anticorps, permettant de mettre en évidence les « résidus inhabituels » (ceux rarement observés à une position particulière) et de prendre des décisions sur les mutations acceptables. Ceci est particulièrement utile lorsque l'on compare des anticorps de différentes espèces.

    abYsis est utile pour tout chercheur spécialisé dans l'ingénierie des anticorps, en particulier ceux qui développent des anticorps en tant que médicaments.


    Voir la vidéo: virusinfektio (Juillet 2022).


Commentaires:

  1. Edward

    À mon avis, vous vous trompez. Je peux défendre la position. Écrivez-moi en MP, on en parlera.

  2. Thomas

    Grand culte aux créateurs

  3. Phrixus

    Je suis d'accord avec dit tout ci-dessus. Nous pouvons communiquer sur ce thème. Ici ou dans PM.

  4. Arashigal

    Il y a quelque chose. Merci pour l'aide, comment puis-je remercier?

  5. Benson

    C'est ensemble. C'était et avec moi.

  6. Wselfwulf

    Internet est orthographié avec une majuscule à l'intérieur d'une phrase, si cela. Et les centièmes ne sont pas avec une période, mais avec une virgule. C'est la norme.



Écrire un message