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Existe-t-il un logiciel gratuit pour l'annotation manuelle des séquences ?

Existe-t-il un logiciel gratuit pour l'annotation manuelle des séquences ?



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Je recherche un logiciel qui me permettrait de faire une annotation graphique rapide des caractéristiques structurelles d'une séquence. Quelque chose qui ressemblerait à ce que vous obtenez dans jalview, avec votre séquence en haut et des pistes en bas qui mettent en évidence quelle partie est une hélice alpha ou une feuille bêta.

Ma séquence annotée finale ressemblerait à ceci :


Vous pourriez trouver du succès avec l'utilisation de WebApollo ou JBrowse

WebApollo vous permet d'effectuer de nombreuses fonctions d'annotation manuelle pour vos gènes, telles que l'édition des limites d'exons, la fixation de séquences codantes et la fusion ou la division de prédictions de gènes, ce qui ressemble à ce qui aurait pu être fait dans l'UCA-At2g42245. Il peut également être utilisé pour ajouter divers attributs, termes GO, informations publiées ou attributs génériques. WebApollo utilise en fait JBrowse, mais JBrowse lui-même dispose d'options très flexibles pour afficher les annotations. La partie sur la mise en évidence des feuilles alpha helix/beta n'est pas intégrée, mais JBrowse peut être configuré pour faire beaucoup de rendus différents, et je pourrais fournir plus de détails si cela vous intéresse. Avis de non-responsabilité : je suis un développeur WebApollo/contributeur JBrowse.


Top 10 des meilleurs outils d'analyse du génome #038

Le génome joue un rôle vital pour diverses activités biochimiques et physiologiques. La plupart des maladies et des irrégularités causées sont dues aux facteurs sous-jacents du génome/des gènes. Les études génomiques permettent aux chercheurs d'identifier les défauts génétiques dans le système des organismes.

Les études bioinformatiques ont conduit au développement de meilleur logiciel d'analyse du génome. Ces outils puissants peuvent être utilisés pour des développements révolutionnaires dans les études de génomique, de transcriptomique et de métatranscriptomique.

De nombreux outils de haute qualité sont logiciel d'analyse du génome open source qui sont fortement cités dans les articles de recherche publiés par des revues réputées.


Téléchargement de données

Pour annoter un génome à l'aide de Maker, vous avez besoin des fichiers suivants :

  • La séquence du génome au format fasta
  • Un ensemble de transcrits ou de séquences EST, de préférence provenant du même organisme.
  • Un ensemble de séquences de protéines, généralement d'espèces étroitement apparentées ou d'une base de données de séquences organisée comme UniProt/SwissProt.

Maker alignera le transcrit et les séquences protéiques sur la séquence du génome pour déterminer les positions des gènes.

Hands_on Travaux pratiques : téléchargement de données

  1. Créez et nommez un nouvel historique pour ce didacticiel.

Astuce : Créer un nouvel historique

  1. Cliquez sur l'icône d'engrenage galaxie (Options d'historique) en haut du panneau d'historique
  2. Sélectionnez l'option Créer un nouveau du menu

Importez les fichiers suivants depuis Zenodo ou depuis la bibliothèque de données partagée

Astuce : Importation via des liens

  • Copier l'emplacement du lien
  • Ouvrez le Galaxy Upload Manager (galaxie -upload en haut à droite du panneau d'outils)
  • Sélectionner Coller/Récupérer des données
  • Collez le lien dans le champ de texte
  • presse Début
  • proche la fenêtrePar défaut, Galaxy utilise l'URL comme nom, alors renommez les fichiers avec un nom plus utile.

Astuce : Importer des données à partir d'une bibliothèque de données

  • Entrer dans Données partagées (panneau supérieur) puis Bibliothèques de données
  • Trouvez le bon dossier (demandez à votre instructeur)
  • Sélectionnez les fichiers souhaités
  • Clique sur le Vers l'histoire bouton près du haut et sélectionnez en tant que jeux de données dans le menu déroulant
  • Dans la fenêtre contextuelle, sélectionnez l'historique dans lequel vous souhaitez importer les fichiers (ou créez-en un nouveau)
  • Cliquer sur Importer

Vérifiez que le type de données pour augustus_training_1.tar.gz et augustus_training_2.tar.gz est défini sur augustus

Astuce : Changer le type de données

  • Cliquez sur le crayon galaxie icône de crayon pour que l'ensemble de données modifie ses attributs
  • Dans le panneau central, cliquez sur la galaxie -chart-select-data Types de données onglet en haut
  • Sélectionnez Auguste
  • Clique le Changer le type de données bouton

Vous disposez des principaux jeux de données suivants :

  • S_pombe_trinity_assembly.fasta contient des séquences EST de S. pombe, assemblé à partir des données RNA Seq avec Trinity
  • Swissprot_no_S_pombe.fasta contient un sous-ensemble de la base de données de séquences de protéines SwissProt (séquences publiques de S. pombe ont été supprimés pour rester aussi proche que possible de l'analyse réelle)
  • S_pombe_chrIII.fasta ne contient que le troisième chromosome du génome complet de S. pombe
  • S_pombe_genome.fasta contient la séquence complète du génome de S. pombe

Hands_on Travaux pratiques : choisissez votre génome

  1. Vous devez choisir entre S_pombe_chrIII.fasta et S_pombe_genome.fasta :

    • Si vous avez le temps : utilisez le génome complet ( S_pombe_genome.fasta ), cela prendra plus de temps de calcul, mais les résultats seront plus proches des données réelles.
    • Si vous souhaitez obtenir des résultats plus rapidement : utilisez le chromosome III ( S_pombe_chrIII.fasta ).
  2. Renommez le fichier que vous utiliserez en genome.fasta . Par exemple. si vous utilisez S_pombe_chrIII.fasta , renommez-le en genome.fa

Astuce : Renommer un jeu de données

  • Cliquez sur le crayon galaxie icône de crayon pour que l'ensemble de données modifie ses attributs
  • Dans le panneau central, modifiez le Nom champ vers genome.fa
  • Clique le sauvegarder bouton

Les autres jeux de données seront utilisés plus tard dans le didacticiel.


Génomes partiels et provisoires

La finition d'un génome - le séquençage de chaque nucléotide restant de chaque chromosome et la création d'un assemblage sans espace - est considérablement plus lent et plus coûteux que la phase de séquençage à haut débit. En conséquence, un nombre croissant de génomes sont libérés sous forme de « brouillon » et le resteront indéfiniment. Ceux-ci incluent de nombreuses bactéries et la majorité des génomes eucaryotes. (En fait, seule une poignée de génomes eucaryotes, comme ceux de Saccharomyces cerevisiae et Caenorhabditis elegans mais sans compter l'humain, sont vraiment finis.)

L'effet des ébauches de génomes sur l'annotation est considérable : de nombreux gènes « s'écouleront » à la fin des contigs ou apparaîtront sur deux ou plusieurs contigs séparés. Cela complique à son tour les étapes ultérieures de l'annotation et est susceptible de conduire à des erreurs supplémentaires dans l'attribution de la fonction des gènes. Par exemple, un fragment de gène est susceptible de correspondre à un petit domaine protéique, et les fonctions basées sur un seul domaine touché ne sont pas fiables. Un gène divisé entre deux contigs peut être annoté deux fois. Les séquences de brouillon ont également des taux d'erreur de séquençage beaucoup plus élevés, ce qui peut introduire des codons d'arrêt erronés au milieu des gènes ou fusionner de manière incorrecte des gènes adjacents mais distincts.


À propos de Kraken 2

Kraken 2 est la dernière version de Kraken, un système de classification taxonomique utilisant des correspondances k-mer exactes pour obtenir une grande précision et des vitesses de classification rapides. Ce classificateur fait correspondre chaque k-mer dans une séquence de requête au plus petit ancêtre commun (LCA) de tous les génomes contenant le k-mer donné. Les affectations k-mer informent l'algorithme de classification. [voir : page Web de Kraken 1 pour plus de détails].

  1. Stockage des minimiseurs : Au lieu de stocker/interroger des k-mers entiers, Kraken 2 stocke les minimiseurs (l-mers) de chaque k-mer. La longueur de chaque l-mer doit être &le la longueur k-mer. Chaque k-mer est traité par Kraken 2 comme si son ACV était le même que celui de son minimiseur.
  2. Introduction de graines espacées : Kraken 2 utilise également des graines espacées pour stocker et interroger des minimiseurs afin d'améliorer la précision de la classification.
  3. Structure de la base de données : Alors que Kraken 1 a enregistré une liste indexée et triée de paires k-mer/LCA, Kraken 2 utilise une table de hachage compacte. Cette table de hachage est une structure de données probabiliste qui permet des requêtes plus rapides et des besoins en mémoire inférieurs. Cependant, cette structure de données a <1% de chances de renvoyer une LCA incorrecte ou une LCA pour un réducteur non inséré. Les utilisateurs peuvent compenser cette possibilité en utilisant les seuils de notation de confiance de Kraken.
  4. Bases de données de protéines : Kraken 2 permet de créer des bases de données à partir de séquences d'acides aminés. Lorsqu'il est interrogé, Kraken 2 effectue une recherche traduite à six images des séquences de requête par rapport à la base de données.
  5. Bases de données 16S : Kraken 2 prend également en charge les bases de données non basées sur la taxonomie de NCBI. Actuellement, il s'agit des bases de données 16S : Greengenes, SILVA et RDP.
  • 06/05/2020 - Kraken 2 Github Wiki fournira toutes les mises à jour à l'avenir
  • 28/11/2019 - Article Kraken 2 publié dans Genome Biology
    Analyse métagénomique améliorée avec Kraken 2
  • 09/07/2019 - La préimpression de Kraken 2 publiée dans biorxiv
    Analyse métagénomique améliorée avec Kraken 2
  • 25/04/2019 - version v2.0.8-beta
    Corrections pour le changement de structure de fichier NCBI, valeurs par défaut pour la longueur k-mer, la longueur du minimiseur a été modifiée pour augmenter la précision.
  • 23/04/2019 - Création du site de téléchargement FTP de Kraken 2
    Voir la page des téléchargements pour plus de détails.
  • 04/10/2019 - Version MISE À JOUR de MiniKraken pour Kraken 2
    Voir la page des téléchargements pour plus de détails.
  • 28/02/2019 - FTP ajouté et autres correctifs
    Prise en charge ajoutée pour les téléchargements ftp (option --use-ftp ajoutée pour les commandes kraken2-build). Voir CHANGELOG.md pour des améliorations supplémentaires.
  • 01/11/2018 - Sortie de MiniKraken pour Kraken 2
    Bases de données MiniKraken rendues publiques. Voir la page des téléchargements pour plus de détails.
  • 08/11/2018 - version v2.0.7-beta
    Prise en charge de la construction de Minikraken en fonction de la taille de la base de données ajoutée. Autres mises à jour/correctifs. Voir CHANGELOG.md pour plus de détails
  • 26/06/2018 - version v2.0.6-bêta
    Première sortie publique de Kraken 2.

Téléchargements gratuits: Freeware Annotate Sequence Dna

MiraiBio DNASIS MAX est un logiciel de bioinformatique pour ADN/ARN/Acide aminé Séquence une analyse. Le logiciel de bioinformatique DNASIS MAX aide les scientifiques de la vie à éditer, Annoter et analyser ADN, ARN et séquences d'acides aminés. Il comprend un ensemble complet d'outils analytiques et peut être étendu avec une recherche d'homologie en option, un alignement multiple et un appel de base et Séquence.

Catégorie : Affaires & Finance / Applications
Editeur : MiraiBio Group, Licence : Démo, Prix : USD .00, Taille du fichier : 164,0 Mo
Plateforme : Windows


Genom 2005 est une application riche en fonctionnalités et conviviale pour l'analyse des expériences de réseau (par exemple du fournisseur Affymetrix). Il comprend la normalisation des données brutes, des informations génétiques supplémentaires, les noms officiels des gènes, l'emplacement, la prédiction de fonction, les séquences, les références de bases de données (GeneOntology, InterPro, SwissPROT, ENSEMBL, GeneBank.), plusieurs méthodes d'analyse (cluster, Support-Vector-Machine.

Catégorie : Maison et éducation
Éditeur : GSA, Licence : Démo, Prix : 1049,00 USD, Taille du fichier : 2,0 Mo
Plateforme : Windows


Description : Logiciel d'alignement facile à utiliser pour ADN Séquence assemblage de contig, édition de contig et détection de mutation pour Windows. C'est un logiciel de biologie moléculaire qui permet de visualiser et d'assembler des séquences en contigs. Fonctionnalités : clip de fin, export de séquences, assemblages, détection de code. La description: ADN Baser est une alternative abordable pour l'assemblage de ADN séquences et.

Catégorie : Maison et éducation
Editeur : CubicDesign, Licence : Shareware, Prix : 490,00 USD, Taille du fichier : 1,3 Mo
Plateforme : Windows, Mac, Linux

ADN Maître est un Logiciel gratuit ADN Séquence éditeur et package d'analyse. Ce programme est assez puissant dans ce qu'il peut faire, et en tant que tel ne se limite pas à utiliser des ressources. Un ordinateur rapide avec 512 Mo de mémoire (ou plus) est recommandé de plus grandes quantités de mémoire sont nécessaires pour certaines fonctions.

Catégorie : Maison et éducation / Science
Éditeur : Manic Software, Licence : Shareware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 0
Plateforme : Windows


BioSeqAnalyzer est un outil logiciel de bioinformatique pour l'analyse ADN et des séquences protéiques. Son interface Windows rend Séquence analyse extrêmement facile. BioSeqAnalyzer, version enregistrée, prend en charge les opérations suivantes : Alignement Scoring. Alignement global linéaire. Affine l'alignement global. Alignement local. Alignement multiple.

Catégorie : Maison et éducation
Éditeur : BioSeqAnalyzer, Licence : Shareware, Prix : 30,00 USD, Taille du fichier : 566,9 Ko
Plateforme : Windows

Logiciel de jeu. Utilisez la flèche pour enfoncer une boule colorée dans un ADN squelette et pour combler tous les postes. Le jeu est chronométré et la vitesse de libération des balles augmente avec le temps. Les ADN Le jeu BALL a été créé pour accompagner un nouveau livre, "The Odyssey Gene". Pour en savoir plus : theodysseygene.com

Catégorie : Jeux
Éditeur : www.TheodysseyGene.com, Licence : Freeware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 2,6 Mo
Plateforme : Windows, Mac, Linux

Le logiciel Gene Inspector (GI) est une combinaison unique d'un cahier de laboratoire électronique polyvalent, d'un ADN et protéines Séquence package d'analyse et un puissant outil d'illustration. La combinaison d'un cahier de recherche électronique avec des outils de navigation et de dessin, et des ADN et des analyses de protéines, offre la possibilité de Annoter.

Catégorie : Internet / Communications
Editeur : Textco BioSoftware, Inc., Licence : Démo, Prix : 0,00 USD, Taille du fichier : 4,5 Mo
Plateforme : Windows

RustemSoft présente Logiciel gratuit Outil d'édition et de validation XML XMLFox est un Logiciel gratuit éditeur pour créer des documents XML bien formés et/ou un schéma XSD valides. Outil d'édition et de validation XML robuste XMLFox est un Logiciel gratuit éditeur pour créer des documents XML bien formés et/ou un schéma XSD valides. L'éditeur de schéma XMLFox vous permet de développer facilement des modèles de données avancés exprimés en XSD.

Catégorie : Développement de logiciels
Editeur : RustemSoft, Licence : Freeware, Prix : 0,00 USD, Taille du fichier : 914,1 Ko
Plateforme : Windows

Séquence L'éditeur de diagramme simplifie la création et la maintenance d'UML Séquence diagrammes et flux d'appels. Il prend automatiquement en charge la mise en page et le formatage (sur plusieurs pages si nécessaire) vous permettant de créer facilement Séquence diagrammes beaucoup plus rapidement qu'avec des programmes de dessin ou même des outils UML génériques. Il prend en charge des éléments de dessin supplémentaires tels que les états, les actions, les minuteries.

Catégorie : Développement de logiciels
Éditeur : Effexis Software, LLC, Licence : Shareware, Prix : 99,00 USD, Taille du fichier : 6,8 Mo
Plateforme : Windows

Un programme de soumission de freeware pour les FFA et les sites classés à soumettre gratuitement à tous les sites de liens ou sites classés de votre choix. Contient 25 sites de soumission gratuits

Catégorie : Internet
Editeur : Sensei J. Richard Kirkham B.Sc., Licence : Freeware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 779,3 KB
Plateforme : Windows

InfoHesiveEP Logiciel gratuit vous permet de créer facilement des publications électroniques, des fichiers d'aide, des manuels, des livres électroniques, des guides et de la documentation d'assistance. Importez des fichiers d'aide ePUB, PDF, Doc, DocX et CHM. Annoter publications avec signets, texte, images et fichiers associés. Exportez vers du texte enrichi, html, PDF, LIC, Mobi, ePUB qui est pris en charge dans une gamme d'appareils mobiles numériques. Créer des articles et créer un lien vers.

Catégorie : Affaires et finances / Traitement de texte
Editeur : 2BrightSparks Pte Ltd, Licence : Freeware, Prix : 0,00 USD, Taille du fichier : 14,8 Mo
Plateforme : Windows


BDlot DVD ISO Master est le premier logiciel gratuit spécialisé dans l'enregistrement de tout DVD en fichier ISO dans le monde. Il fonctionne également comme un graveur de DVD car il peut graver facilement n'importe quel fichier ISO sur un disque DVD/CD/Blu-ray. Il existe de nombreuses fonctionnalités excellentes qui en font Logiciel gratuit se démarquer de tous ses programmes homologues : 1. Enregistrez facilement différents DVD sur le disque dur et l'USB avec une forte capacité de lecture. Puissant.

Catégorie : DVD & Vidéo / Conversion vidéo
Éditeur : LotSoft, Licence : Logiciel gratuit, Prix : 0,00 USD, Taille du fichier : 3,1 Mo
Plateforme : Windows

Si vous avez perdu des données essentielles et recherchez la meilleure récupération de données Logiciel gratuit logiciel pour résoudre les données perdues du disque dur Windows ? Ainsi, vous trouverez de nombreux outils de récupération, mais notre logiciel de récupération de données Recover Data for Windows qui est le meilleur dans sa tâche de récupération de données. Ce logiciel de récupération de données de disque peut récupérer avec succès les données supprimées du système de fichiers Windows tel que FAT12.

Catégorie : Utilitaires / Compression de fichiers
Éditeur : Récupération de données, Licence : Shareware, Prix : 49,00 USD, INR2400, Taille du fichier : 3,6 Mo
Plateforme : Windows


Le logiciel de renouveau d'images techniquement avancé fournit la meilleure solution pour récupérer des photos numériques supprimées, des clichés de mariage mémorables de tous les supports amovibles USB. Récupération de photos entièrement professionnelle Logiciel gratuit le logiciel récupère rapidement les images supprimées en moins de temps. Le programme polyvalent de récupération d'images a la capacité de restaurer les images manquantes ou formatées enregistrées dans n'importe quel format de fichier.

Catégorie : Utilitaires / Sauvegarde
Éditeur : Logiciel gratuit de récupération de photos, Licence : Shareware, Prix : 45,00 USD, INR2444, Taille du fichier : 3,2 Mo
Plateforme : Windows

La suite Seq Manip (Séquence Manipulation Suite) est une collection de programmes JavaScript pour générer, formater et analyser de courts ADN et des séquences protéiques. Il est couramment utilisé par les biologistes moléculaires, pour l'enseignement et pour les tests de programmes et d'algorithmes.

Catégorie : Maison et éducation / Divers
Editeur : Sequence Manipulation Suite, Licence : Freeware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 469,0 Ko
Plateforme : Windows

Lasergene Core Suite est un logiciel complet ADN et protéines Séquence suite logicielle d'analyse composée de neuf applications.Lasergene Core Suite est disponible en quatre configurations, chacune conçue pour différents chercheurs. Ce logiciel comprend des fonctions pour Séquence assemblage et détection de SNP, clonage virtuel automatisé et plus

Catégorie : Affaires & Finance / Applications
Éditeur : DNASTAR, Inc., Licence : Shareware, Prix : 3 733,00 USD, Taille du fichier : 354,0 Mo
Plateforme : Windows

ADNSP, ADN Séquence Polymorphism, est un progiciel pour l'analyse du polymorphisme nucléotidique à partir d'alignements ADN Séquence Les données. DnaSP peut estimer plusieurs mesures de ADN Séquence variation au sein et entre les populations (dans des sites non codants, synonymes ou non, ou dans diverses sortes de positions de codon), ainsi que le déséquilibre de liaison.

Catégorie : Maison et éducation / Science
Editeur : Universitat de Barcelona, ​​Licence : Freeware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 4,6 Mo
Plateforme : Windows

Un exprimé Séquence tag ou EST est un court sous-Séquence d'un ADNc (complémentaire ADN) Séquence. HarvEST est principalement un logiciel de visualisation de bases de données EST qui met l'accent sur la fonction des gènes et est orienté vers la génomique comparative et la conception d'oligonucléotides, à l'appui d'activités telles que les SNP, la conception de contenu de puces à ADN, l'annotation de fonctions et les aspects physiques et génétiques.

Catégorie : Maison et éducation / Science
Editeur : Steve Wanamaker et Timothy Close, Licence : Freeware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 520,8 Mo
Plateforme : Windows

StarORF facilite l'identification de la ou des protéines codées dans un ADN Séquence. En utilisant StarORF, le ADN Séquence est d'abord transcrit en ARN puis traduit en tous les ORF (Open Reading Frame) potentiels codés dans chacun des six cadres de traduction (3 dans le sens direct et 3 dans le sens inverse). Cela permet aux élèves d'identifier les.

Catégorie : Maison et éducation / Science
Editeur : STAR Project, Licence : Freeware, Prix : 0,00 USD, Taille du fichier : 1,2 Ko
Plateforme : Windows

Bio2Midi convertit le texte d'un ADN ou protéine Séquence dans un fichier MIDI, que vous pouvez immédiatement écouter, ou importer dans n'importe quel séquenceur MIDI pour un traitement de composition ultérieur.

Choisissez d'écouter les séquences en 4 notes ADN bases, ou sous forme d'acides aminés protéiques de 20 notes, ou les deux à la fois. Vous pouvez sélectionner des sections de données spécifiques à traduire, appelées exons et.

Catégorie : Multimédia & Design / Gestion des médias
Editeur : Algorithmic Arts, Licence : Shareware, Prix : USD .00, Taille du fichier : 0
Plateforme : Windows

Voulez-vous vraiment réparer le fichier OST gratuitement et également convertir OST en PST Logiciel gratuit immédiatement? Alors qu'attendez-vous pour aller chez Perfect Data Solutions et Logiciel gratuit téléchargez l'outil de conversion OST en PST qui peut vous aider à récupérer OST n'hésitez pas et à convertir le fichier OST PST Logiciel gratuit rapidement. Maintenant, vous pouvez numériser avec succès le fichier OST gratuitement et exporter OST vers PST gratuitement avec Word Best.

Catégorie : Développement de logiciels / Utilitaires de fichiers d'aide
Editeur : Téléchargement gratuit d'OST vers PST, Licence : Shareware, Prix : 99,00 USD, 74 EUR, Taille du fichier : 3,8 Mo
Plateforme : Windows


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Catégorie : Utilitaires / Compression de fichiers
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Plateforme : Windows


Conversion Enstella Exchange EDB en PST Logiciel gratuit Le logiciel est l'un des meilleurs logiciels simples qui fonctionnent facilement sur un fichier EDB endommagé sans en changer l'originalité. Récupération EDB Logiciel gratuit l'utilitaire récupère rapidement les e-mails à partir du fichier EDB avec toutes les métadonnées des e-mails - vers, bcc, cc, date, heure et sujet, etc. Enstella EDB vers PST Logiciel gratuit le logiciel de conversion est professionnel et.

Catégorie : Développement de logiciels / Utilitaires de fichiers d'aide
Éditeur : Convertir EDB en PST Freeware, Licence : Shareware, Prix : 299,00 USD, 200 EUR, Taille du fichier : 2,6 Mo
Plateforme : Windows

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Catégorie : Internet / Téléphone Internet et Téléconférence
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Plateforme : Windows

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Catégorie : Utilitaires / Gestion de fichiers et de disques
Éditeur : Convertir OST en PST Freeware, Licence : Shareware, Prix : 99,00 USD, 74 EUR, Taille du fichier : 3,9 Mo
Plateforme : Windows


Les frais d'inscription pour les universitaires sont 60 CHF et 300 CHF pour les entreprises à but lucratif.

Vous serez informé par email de la confirmation de votre inscription. A réception de l'email de confirmation, il sera demandé aux participants de confirmer leur présence en s'acquittant des frais dans les 5 jours.

La date limite d'annulation sans frais est fixée à 06/04/2021. Toute annulation après cette date ne sera pas remboursée. Veuillez noter que la participation aux cours SIB est soumise à nos conditions générales.


Discussion

La séquence du génome que nous rapportons ici est plus longue et contient moins de gènes sur le chromosome, mais plus sur le plasmide de virulence par rapport aux séquences publiées précédemment pour l'échafaudage chromosomique [40] et le plasmide de virulence [28, 39, 40]. Des différences mineures pourraient être dues au fait que les séquences d'ADN précédemment publiées de S. flexneri 5a M90T ont été obtenus à partir d'un mutant spontané résistant à la streptomycine (S. flexneri 5a M90T Sm), qui a été dérivé de l'original S. flexneri 5a Isolat de M90T séquencé ici par culture en série sur des plaques contenant des antibiotiques [40, 65]. Néanmoins, la plupart des différences peuvent être attribuées aux développements technologiques. D'une part, le S. flexneri Le chromosome 5a M90T a été préalablement séquencé avec un séquenceur Illumina à lecture courte [40]. D'autre part, les séquences plasmidiques de virulence précédemment publiées ont été obtenues en utilisant la technologie ABI377 Sanger à lecture moyenne [28, 39]. Tant pour le chromosome que pour le plasmide de virulence, les régions répétitives ou riches en AT rendent difficile la préparation d'une séquence complète du génome avec des technologies qui ne sont pas à lecture longue [28, 39, 40] en raison des problèmes intrinsèques d'assemblage de ce type de séquences . Cependant, ces problèmes d'assemblage et d'annotation sont contournés grâce au séquençage à lecture longue comme la technologie PacBio [50] employée ici. De même, alors que le séquençage de Sanger reste une technologie très précise pour les lectures de longueur moyenne (> 500 nucléotides), le séquenceur ABI377 a nécessité une nébulisation et un fractionnement de taille ultérieur (de l'ordre de 0,7 à 2,0 kb) de l'ADN par électrophorèse sur gel d'agarose et clonage dans des cosmides pour le séquençage [28, 39], ce qui augmentait le risque d'introduire des mutations ou de perdre des séquences entre les fragments d'ADN. La technologie NGS telle que le séquençage à lecture longue PacBio/SMRT [50] est sans clonage ni PCR. Le plasmide de virulence décrit précédemment [28] est long de 213 194 pb (numéro d'accession RefSeq NC_024996) [28], 8357 pb plus court que la séquence publiée 1 an plus tard (numéro d'accession GenBank AF348706, 39]. La séquence plasmidique de virulence que nous rapportons ici est 10 344 pb de plus que celui portant le numéro d'accession AF348706 [39] (tableau 2). Il est déjà connu que la structure génomique du plasmide de virulence est une mosaïque avec de nombreuses régions répétées et des pistes riches en AT [39]. séquencé précédemment a une longueur de 4 589 866 pb (numéro d'accession GenBank CM001474), y compris de nombreuses régions avec des lacunes qui sont représentées dans la séquence par "N". Le nombre total de "N" dans l'échafaudage du génome est de 11 901 pb [40]. Un contrôle aléatoire de 20 de ces régions ont montré qu'il s'agit de séquences répétées ou de pistes riches en AT. La séquence chromosomique rapportée ici est sans lacune, elle comprend les 11 901 pb manqués dans la séquence chromosomique rapportée précédemment [40] plus 15 848 pb supplémentaires qui n'étaient pas pré- envoyé dans la séquence chromosomique d'échafaudage précédemment séquencée. Au total, ces nouvelles régions de la séquence du génome totalisent un total de 27 749 pb supplémentaires sur le chromosome.

Le nombre de gènes, y compris les pseudogènes putatifs, qui ont été annotés dans S. flexneri 5a M90T plus tôt est plus petit [40] en raison des avancées techniques du séquençage et de la puissance informatique pour l'analyse et l'annotation du génome (Tableau 1 et Tableau 2). Le génome rapporté ici compte 4949 CDS, dont 4629 sont sur le chromosome, contrairement aux 4013 CDS annotés sur le projet de chromosome précédemment [40] (Tableau 1), résultant en 616 nouveaux CDS. Cet écart dans le nombre de CDS pourrait être une conséquence de lacunes dans la séquence chromosomique rapportée précédemment. Dans le cas du plasmide de virulence, nous rapportons 27 nouveaux CDS (Tableau 2) par rapport à la dernière séquence [39].

De tous les gènes annotés, 769 sont des pseudogènes putatifs (tableau 1 et tableau 2), soit 563 de plus que précédemment rapporté sur la base du génome hybride disponible composé de l'échafaudage chromosomique et des assemblages plasmidiques [28, 39, 40]. Ce nombre est compris entre 229 et 858 signalés auparavant pour Escherichia et Shigella membres du genre [60, 66]. Lorsque les bactéries évoluent de la vie libre à l'intracellulaire, le génome subit une évolution adaptative [66,67,68,69]. Les pseudogènes peuvent être considérés comme un enregistrement génomique des protéines, enzymes ou voies qui ne sont plus nécessaires car la bactérie s'est adaptée à un nouvel environnement [69,70,71]. Les pseudogènes sont continuellement créés dans les génomes bactériens à partir de processus mutationnels en cours et sont sujets à la dégradation et à l'élimination éventuelle par une accumulation supplémentaire de mutations [71,72,73,74]. Par exemple, les bactéries pathogènes intracellulaires, telles que Mycobacterium leprae, peuvent accumuler un grand nombre de pseudogènes [74, 75]. Les pseudogènes sont particulièrement répandus chez les espèces bactériennes récemment associées ou dépendantes d'hôtes eucaryotes, comme c'est le cas de Salmonelle et Shigella [68, 70]. outre Salmonelle, chez d'autres membres de la Entérobactéries tel que E. coli et divers Shigella espèces ou souches, de nombreux CDS ont été annotés comme des pseudogènes [41, 68, 70, 76, 77, 78]. Les nombres rapportés ici sont dans la même gamme que ceux trouvés dans d'autres bactéries telles que Salmonella enterica [68], Helicobacter pylori [42] et Streptomyces coelicolor [79]. Le processus de conversion génique en pseudogènes ou en décomposition génique est beaucoup plus rapide dans Shigella que dans E. coli [80], reflétant peut-être une microévolution adaptative entraînant une transition de Shigella d'un commensal à un pathogène intracellulaire. Il a été montré que Shigella a divergé de E. coli dans de multiples événements indépendants [81,82,83]. Des études antérieures ont signalé l'inactivation de gènes qui entravent la vie intracellulaire dans S. flexneri 5a M90T par divers types de mutations, par exemple dans le nadA, nadB locus codant pour la capacité à synthétiser la cadavérine [84, 85] ou le fim cluster encodant fimbriae [86], pointant vers un processus adaptatif conduisant le mode de vie intracellulaire de S. flexneri.

Dans cette étude, nous montrons que les pseudogènes présents dans le génome sont transcrits, dont certains fortement, dans des conditions de croissance de laboratoire (Fig. 3 et Tableau S4). Bien que presque tous les pseudogènes identifiés dans cette étude soient transcrits, on ne sait pas si ces transcrits de pseudogènes ont un rôle dans S. flexneri aptitude. En raison de l'architecture compacte du génome des bactéries, on ne sait pas pourquoi les génomes procaryotes contiendraient des capacités de codage réduites. Il est tentant de spéculer que les pseudogènes maintiennent une certaine fonction, entraînant une pression sélective positive pour maintenir leur présence. Une explication possible du maintien d'un nombre élevé de pseudogènes transcrits est qu'ils conservent une fonction résiduelle en tant qu'éléments régulateurs ou confèrent une plasticité au génome [13]. Une autre explication est que le nombre élevé de pseudogènes transcrits reflète des processus évolutifs en cours [68, 70, 80]. La persistance des pseudogènes et leur impact sur S. flexneri l'aptitude doit être étudiée plus en détail au cas par cas.

Les pseudogènes et IS semblent conduire le remodelage du génome bactérien. La présence d'un grand nombre de pseudogènes dans un génome est généralement corrélée à un nombre élevé d'IS [87]. Les SI jouent un rôle très important, notamment dans l'évolution du génome des bactéries pathogènes [88]. La transposition d'IS peut avoir différents résultats, de la simple inactivation de gènes à l'expression constitutive ou à la répression de gènes situés de manière adjacente en délivrant respectivement des séquences de promoteur ou de terminaison spécifiées par IS. Des copies multiples d'éléments IS favorisent divers réarrangements génomiques tels que les inversions, les délétions, les duplications et les fusions entre les réplicons. Les IS sont des facteurs déterminants pour l'efficacité du transfert de gènes entre différentes souches ou espèces bactériennes [88]. Ici, nous montrons que le nombre d'IS dans le plasmide de virulence est beaucoup plus élevé que dans le chromosome, indiquant que le plasmide subit un remodelage génomique plus actif (tableau 3).

Jacob et Monod ont proposé que l'architecture transcriptionnelle des bactéries soit pilotée par trois éléments : un activateur, un répresseur et le site de liaison de la polymérase [89,90,91,92]. Selon ce modèle, la transcription commence exclusivement à un nucléotide spécifique. En outre, le modèle classique d'un opéron comprend un groupe de gènes sous le contrôle d'une protéine régulatrice, où la transcription aboutit à un ARNm polycistronique avec un seul TSS et un seul site de terminaison de transcription (TTS). Ce modèle classique d'opéron peut être valable pour un groupe spécifique de gènes dans des conditions de croissance ou d'environnement spécifiques. Cependant, des preuves plus récentes indiquent que l'architecture transcriptionnelle des bactéries est beaucoup plus complexe qu'initialement proposé. De nombreux exemples ont établi qu'un opéron peut coder pour des unités transcriptionnelles alternatives qui sont actives dans des conditions environnementales variables [48, 93, 94, 95, 96]. Il a été suggéré qu'un modèle alternatif d'architecture transcriptionnelle appelé « opéron non contigu » existe chez les bactéries [97]. Par exemple, pour E. coli MG1655, qui code pour environ 4 600 gènes, et plus de 14 000 TSS ont été documentés [98, 99]. Nos résultats pour S. flexneri 5a M90T en termes de nombre de TSS - environ 14 051 TSS pour un génome de 4,8 Mb - sont proches de ce qui a été trouvé dans E. coli MG1655.

Pour obtenir un paysage complexe d'unités transcriptionnelles alternatives, la régulation transcriptionnelle se produit à plusieurs niveaux [100]. Différentes longueurs de la 5′-UTR jouent un rôle très important dans la régulation traductionnelle [94, 101, 102]. En effet, la longueur d'un 5'-UTR peut donner un aperçu de la régulation de l'expression des gènes [101]. Par exemple, les longues 5'UTR peuvent contenir des riboswitchs ou fournir des sites de liaison pour les petits ARN régulateurs [103]. Les gènes sans leader sont traduits par un mécanisme différent de celui des gènes avec une séquence leader, comme c'est le cas pour virF dans Shigella spp. [104].


(Re)-annotation pipelines

Many of the afore-mentioned databases contain annotation information that is generated by gene annotation pipelines. Table 3 lists annotation pipelines that are either offered as a service or that can be downloaded and installed locally. Locally running pipelines (AGMIAL, DIYA, Restauro-G, GenVar, SABIA, MAGPIE and GenDB) have the advantage that data can be kept confidential and that the annotation process is run on local hardware, ensuring reproducible annotation times. On-line services (IGS, IMG, JCVI, IGS, RAST, xBASE, BASys) have the advantage of simplicity and little time investment. Curation of the annotation results requires constant user interaction to view the genes in context of different annotation information. The JCVI and IGS services both use the (formerly known as TIGR) Manatee pipeline, which also uses the TIGRFAMs to detect functional domains in protein sequences. They offer the user the possibility to view and alter annotations in the respective databases they use. Similar functionality is offered by MAGE (which uses the MicroScope database) (Fig. 2), IMG-ER (uses the IMG data model as basis) and RAST (based on the Seed). The commercially available Pedant-Pro pipeline is based on the Pedant annotation pipeline with various enhancements. Usability of the MiGAP and ATCUG annotation pipelines could not be judged by us due to unavailable software (ATCUG) or website language in Japanese (MiGAP). The Taverna work-flow system allows to link different web services, and has the advantage that it can be adapted by experienced bioinformaticians. Assigning genes to metabolic pathways can be done using the KAAS service (Table 3), which annotates gene products by assigning EC numbers based on amino acid similarity to gene products with known EC numbers.

Pipeline Organization La description Access/distribution Reference
IGS University of Maryland A FREE resource for genomics researchers and educators bringing advanced bioinformatics tools to the lab bench and the classroom http://ae.igs.umaryland.edu/cgi/index.cgi Free service None
JCVI annotation service J. Craig Venter Institute (JCVI) Free to use genome annotation service http://www.jcvi.org/cms/research/projects/annotation-service/overview/ Free to use annotation service None
MiGAP Database Center for Life Sciences (DBCLS) Microbial Genome Annotation Pipeline (MiGAP) for diverse users http://migap.lifesciencedb.jp/ Note: site is in Japanese http://www.jsbi.org/modules/journal1/index.php/GIW09/Poster/GIW09S001.pdf
MaGe/MicroScope GENOSCOPE Magnifying Genomes: microbial genome annotation system http://www.genoscope.cns.fr/agc/mage Free service Vallenet et al. (2006 ) Vallenet et al. (2009 )
BASys University of Alberta, Canada A web server for bacterial genome annotation http://wishart.biology.ualberta.ca/basys/ Free to use Van Domselaar et al. (2005 )
RAST Fellowship for Integration of Genomes (FIG) The RAST Server: Rapid Annotations using Subsystems Technology based on the Seed http://rast.nmpdr.org/ Free to use service Aziz et al. (2008 )
xBASE University of Birmingham, UK Bacterial genome annotation service http://xbase.ac.uk/annotation/ Free to use service Chaudhuri et al. (2008 )
IMG ER Joint Genome Institute (JGI) A system for microbial genome annotation expert review and curation http://img.jgi.doe.gov/er Free service Markowitz et al. (2009 )
GenVar Virginia Bioinformatics Institute Bacterial gene annotation and comparative genomics pipeline http://patric.vbi.vt.edu/downloads/software/GenVar Free for non-commercial use Yu et al. (2007 )
Pedant-Pro Biomax Genome analysis package for comprehensive analysis of DNA and protein sequences http://www.biomax.de/products/pedantpro.php Commercial license Frishman et al. (2001 )
AGMIAL INRA, France An annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system http://genome.jouy.inra.fr/agmial/ Open source license Bryson et al. (2006 )
GenDB CeBiTec, Germany Bacterial annotation system http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/groups/brf/software/gendb_info/ Free to use, stand-alone software Meyer et al. (2003 )
DIYA DIY Genomics Consortium A bacterial annotation pipeline for any genomics lab https://sourceforge.net/projects/diyg/ Free to use, stand-alone software Stewart et al. (2009 )
SABIA LNCC, Brazil Bacterial annotation system http://www.sabia.lncc.br/ Free to use, stand-alone software Almeida et al. (2004 )
MAGPIE Genome Prairie Project, Canada Genome annotation system http://magpie.ucalgary.ca/ Free to use, stand-alone software Gaasterland and Sensen (1996 )
Restauro-G Institute for Advanced Biosciences, Keio University A Rapid Genome Re-Annotation System for Comparative Genomics http://restauro-g.iab.keio.ac.jp/ Software distributed under the GNU public license Tamaki et al. (2007 )
ATUCG system Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Brasil Agent-based environment for automatic annotation of Genomes None Software should be requested at authors Nascimento and Bazzan (2005 )
Taverna: annotation of genomes University of Manchester Interactive genome annotation pipeline. http://www.taverna.org.uk/introduction/taverna-in-use/annotation/annotation-of-genomes/ Hull et al. (2006 )
KAAS Kyoto Encyclopedia for Genes and Genomes (KEGG) KEGG automated annotation service for metabolic pathways http://www.genome.jp/tools/kaas/ Free to use service Moriya et al. (2007 )

Simplified prokaryotic genome database (PkGDB) relational model composed of three main components: sequence and annotation data (in green), annotation management (in blue) and functional predictions (in purple). Sequences and annotations come from public databanks, sequencing centres and specialized databases focused on model organisms. For genomes of interest, a (re)-annotation process is performed using AMIGene ( Bocs et al., 2003 ) and leads to the creation of new ‘Genomic Objects’. Each ‘Genomic Object’ and associated functional prediction results are stored in the PkGDB. The database architecture supports integration of automatic and manual annotations, and management of a history of annotations and sequence updates. Reproduced from Vallenet and colleagues (2006 ).

Once gene annotations have been determined, they can be checked for inaccurate or missing gene annotations using MICheck. Hsiao and colleagues (2010 ) describe an algorithm for policing gene annotations, which looks for genes with poor genomic correlations with their network neighbours, and are likely to represent annotation errors. They applied their approach to identify misannotations of B. subtilis. The Artemis generic visualisation tool can be used for manual editing of annotation ( Rutherford et al., 2000 ). Prior to submission of a DNA sequence and annotation to the NCBI genome database, the NCBI Sequin service (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/Sequin/) also facilitates checking gene annotations, making sure that certain standards and formats are used.


For information and advice on using this software please see the our GitHub page.

In addition, an email discussion list called artemis-users is available and posts to the list since September 2001 are archived at mail-archive.com

Chado

Java Web Start

The Java Web Start facility has now been removed. Please use a locally installed Artemis instead (see Download and Installation section above).

Artemis is available under GPL3.

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Artemis: an integrated platform for visualization and analysis of high-throughput sequence-based experimental data.


Voir la vidéo: Gene Annotation Tutorial (Août 2022).