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Quelle est l'importance de l'urée en spectrométrie de masse ?

Quelle est l'importance de l'urée en spectrométrie de masse ?


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Quelle est l'importance de l'urée en spectrométrie de masse ? Nous utilisons de l'urée 8M pour FASP nos protéines avant la spectrométrie de masse. Quelle est l'importance d'utiliser de l'urée 8M? et comment cela affecte-t-il les protéines?


Je pense que l'OP posait une question sur la pertinence de l'utilisation de l'urée par rapport à la méthode FASP. Dans la méthode FASP, le dénaturant principal est le SDS . Les protéines sont dénaturées avec une solution de ~4% de SDS (tamponnée à pH 7,5 - 8,0). Ensuite, une solution d'urée 8 M est utilisée pour remplacer le SDS. L'urée sert ici à deux fins, d'abord elle maintient la protéine dénaturée et en solution lorsque le SDS est remplacé/lavé. Deuxièmement, parce que l'urée est un agent chaotrope, elle réduit la taille des micelles SDS qui, autrement, bloqueraient les pores de la membrane filtrante.

Lisez l'article original ici : http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html


L'urée 8M est un dénaturant, comme @Chris l'a mentionné. La dénaturation des protéines est importante pour la spectrométrie de masse moléculaire (ou classique). Si vous analysiez une protéine non dénaturée, vous obtiendriez des informations non seulement sur la structure primaire, mais aussi sur l'interaction non covalente (2+°) :

L'approche MS classique, dite « MS moléculaire », analyse, en phase gazeuse du spectromètre de masse, des espèces individuelles initialement présentes en solution après destruction de la charpente non covalente. D'autre part, la « MS supramoléculaire » ou « MS non dénaturante » vise à transférer des complexes non covalents intacts qui préexistent en solution dans la phase gazeuse de l'instrument.

(Sanglier et al. 2008, Méthodes Mol. Biol.)

La dénaturation des protéines est importante pour la spécification de masse moléculaire/classique car elle garantit que votre analyse ne reflète que les liaisons covalentes (structure primaire) présentes dans votre protéine cible.